① 工艺流程长，废水处理过程中物化反应进程缓，废水处理设施庞大，占地面积大；
② 废水只能集中处理，对于城市废水而言，地下排污管网工程庞大，废水处理工程总投资巨大;
③ 处理后的水质不稳定，对难降解的可溶性有机物、磷、氮等营养性物质处理不彻底，对某些工业废水如造纸废液等处理困难且运行费用高。